Già a partire dal 1219 era sorta  una prima chiesa  dedicata ai Santi Flippo e Giacomo e il monastero doppio di Santa Maria de Caritate de Arena di Porcilia officiato dai Frati Agostiniani giamboniti .

A quel tempo a Padova sono attestate due congregazioni che andranno a costituire la Magna Unio degli agostiniani nel 1256, i guglielmiti stanziati in zona Santa Croce e i giamboniti, in città almeno dal 1242, che erano insediati nel sito dell'Arena.

La fusione diede vita all’ordine dei Frati Eremitani del monastero di Santa Maria della Carità dell’Arena.

Nel 1257 la moglie di Giovanni Zaccaria, Maria, dona agli Eremitani le case possedute in prossimità del monastero, offrendo dunque il terreno dove sorgerà successivamente una grande chiesa. Nl 1264 il primo maggio, festa dei SS. Filippo e Giacomo, furono gettate le fondamenta di una cappella in muratura che si rivelò, dopo soli dieci anni, insufficiente a ospitare i fedeli. Nel 1275 il convento prese il nome della chiesa e cambiò da”Santa Maria dell Carità all’Arena “ in SS. Filippo e  Giacomo”.

Nel 1276 Il podestà di Padova Roberto de Roberti  decise di far costruire una “conveniens ecclesie” a spese dl Comune.
Già agli inizi de nuovo secolo (1300) cominciarono le liti con gli Scrovegni, che nell’Arena avevano fatto costruire la loro Cappella con campanile, per i terreni e gli edifici attigui alle mura dell’Arena  di cui gli Eremitani erano proprietari dal 1300.
L a nuova grande chiesa fu completata nel 1306 con la famosa copertura a carena di nave rovesciata realizzata da Frà Giovanni Eremitano che aveva già operato con successo al Palazzo della Ragione.

Il complesso del Monastero, costruzione importante già dal 1281,  si evolse negli anni con la costruzione del noviziato nel 1418 (contributo della nobildonna Cattarini Colligi e opera del Rev. P. Bellino Padovano), del refettorio piccolo, dell’infermeria (1583),  della foresteria (1583), della libreria nuova con celebrato soffitto e e scaffalature per i famosi codici del convento. Il secondo chiostro fu costruito nel 1520 da Padre Zabarella (frate eremitano di sant’Agostino e poi vescovo di Bari), il primo chiostro  (1527 – 1535)

Nel convento furono ospitati ben cinque capitoli generali dell’ordine negli anni  1281 - 1315 – 1358 – 1533 – 1568 e fu un importante centro culturale per la sua notevolissima biblioteca per lo studio delle scienze, filosofia e teologia.

Nella chiesa degli Eremitani, a partire dal 1509 rettori e deputati della città  convenivano ogni anno, il 17 luglio, giorno di santa Marina per celebrare la resistenza contro gli "Imperiali" durante la guerra della lega di Cambrai e, a partire dal 1571, anche per festeggiare la vittoria nella battaglia di Lepanto. Qui fu accolto Enrico III di Valois in viaggio verso la Francia per cingervi la corona (1574) e successivamente qui veniva a pregare san Francesco di Sales, quando era studente universitario, dalla vicina via Zabarella dove risiedeva. Nel convento soggiornò Martin Lutero di passaggio a Padova nel suo viaggio verso Roma.

Il monastero fu soppresso nel 1806 per decreto napoleonico e trasformato in caserma La chiesa venne riaperta al culto nel 1808 e il complesso claustrale convertito in caserma, divenne distretto militare militare (caserma Gattamelata), centro di smistamento, e in quanto tale divenne obiettivo di guerra come dimostrato dal bombardamento dell’ 11 marzo 1944 che distrussero parte della chiesa con la Cappella Ovetari  e gran parte dell’abside con i celebri affreschi di Andrea Mantegna.e del Guariento, inoltre dei due chiostri del convento venne distrutto la parte orientale  e il portico del chiostro minore.